안녕하세요. 답변드립니다.

각각 공식이 의미하는 바가 다르기 때문입니다.

첫 번째로 언급해 주신 공식 D=Q/S 는 전속밀도를 구하는 공식입니다.
전하 Q에서 나오는 전속선이 면적 S를 얼마나 빽빽하게 통과하는 지를 나타낸 밀도입니다.

두 번째 공식 W = D^2/2ε은 단위체적당 에너지를 구하는 공식입니다.
전계가 형성된 공간의 단위 부피 안에 저장된 정전 에너지의 크기를 나타냅니다.